马英九的先人来自扶风县马氏，早在唐朝武宗的会昌年间，马植迁居至江西永新的溪冈，成为溪冈马氏的一员。到了元末，溪冈的马成中投身明军，参加了屡次建筑，最终在湖北和湖南的战斗中果敢罢休。马成中的女儿马光佑为挂念父亲，聘用假寓在湖南湘潭县的湖田，家眷因此被称为湖田马氏开云官网切尔西赞助商，后代迁居湖南各地。

马英九的太太周好意思青，生于1952年11月30日，籍贯南京市，在香港出身，台北长大。周好意思青在台北市立第一女子高等中学与马英九的妹妹马莉君是同班同学。1964年，马莉君邀请周好意思青到家里吃饭，恰是在此次想法中，周好意思青与马英九再见。周好意思青自后考入国立政事大学法律系。1974年，马英九前去纽约大学留学，两东谈主在1975年运转往复，并于1976年订婚。1977年8月20日，马英九与周好意思青在纽约大学举行婚典，这一天恰逢马英九父母成婚33周年挂念，婚典也成为了这一极端日子的标记。

周好意思青回台湾后，曾在兆丰银行法务处任职，并最终擢升为处长。退休后，她担任中银文教基金会与兆丰慈善基金会的首席现实官，还长久参与公益步履，包括台湾天下瞻望会的责任。她亦然台湾红十字会的名誉会长，低调而且全身心插足社会做事，况且眷注复旧中信昆仲奇迹棒球队。

周好意思青的父亲周兆溎曾是别称船主。她的家庭有四个孩子，宗子周好意思琪假寓好意思国，次子周伟奇曾是联华气体的董事长，三子周好意思青是驰名社会东谈主士，四子周伟雄也假寓在好意思国。

马英九的祖父马立安（1868－1927年）本来是湖南湘潭县白石镇马家堰的住户，还是在当地担任团练职位。1924年，马立安的弟弟逝世后，因匪贼淆乱家眷，马立安决定挪动，最终假寓在湘江对岸的衡山县，以保护家眷的安全。

马英九的父亲马鹤凌（1920－2005年）出身于湖南省湘潭县，年少随家东谈主迁至衡山县。马鹤凌曾就读湖南私立岳云中学及中央政事学校法政系，抗日构兵期间他未完成学业便加入中国后生军。抗战为止后，马鹤凌在湖南省政府担任公事员，1948年移居台湾，之后又迁至香港，最终回到台湾。1944年，他与秦厚修成婚，并育有五子女，挨次为马以南、马乃西、马冰如、马英九与马莉君。马鹤凌于2005年毕命，他的遗骨上刻有他的一些东谈主生理念和愿景，如“化独渐统，全面振兴中国”及“协强扶弱，一都迈向大同”。

马英九的母亲秦厚修（1922－2014年），出身于湖南省宁乡县。她的家眷有着显耀的布景，祖父是清朝举东谈主，父亲秦承志曾任军统局官员。秦厚修早年毕业于湖南省立长沙女中，后赴重庆就读国民党中央政事学校，并与马鹤凌成婚，生下五个子女。1945年，她与丈夫一同前去台湾，参与收受责任，1949年跟着战局变化，全家移居香港，渡过了粗重的日子。1952年，秦厚修与家东谈主假寓台湾，直至2014年逝世，享年93岁。

马英九的舅舅秦灿石（1928－2013年）是棉花育种众人，毕业于湖南农学院，并在山东省农业科研范畴长久责任。尽管他与马英九是近亲，但两东谈主未尝谋面。秦灿石在责任中以严谨、低调著称，直到2013年逝世。

马英九的长女马唯中（1980年11月24日－），是一位艺术策展东谈主，曾在香港M责任，并于2017年得回艺术史博士学位。她毕业于哈佛大学人命科学系，并取得纽约大学博物馆学硕士学位。马唯中在2013年运转厚爱香港M的水墨艺术策展责任，并于2022年加入纽约大批会艺术博物馆责任。她的丈夫蔡沛然是金融从业者，两东谈主育有一子。

次女马元中（1985年11月18日－）在好意思国布朗大学毕业后，回到蔡国强责任室。她和姐姐马唯中相通，领有中国与好意思国双国籍，况且以其出色的才华和学术布景为东谈主熟知。